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一、量子化学计算显示核酸染料分子量只有在600以上(不含对阴离子),才能确保染料无法通过细胞膜,才能确保染料无法插入dna双链内引起突变。市面上冒充安全染料super gelred(本网站简称gelred)的小分子核酸染料(染料母体分子量小于600)主要有溴化乙啶eb(染料母体分子量314),碘化丙啶pi(染料母体分子量414),磺化丙啶ps(染料母体分子量407),这些分子极有可能和eb一样对生殖细胞致突变性!
二、sigma-aldrich的msds显示碘化丙啶pi与eb一样对生殖细胞致突变性(类别2:h341)!
三、以下是这些小分子染料和supergelred以及safered的电泳胶图对比,请大家对比参考!我们公司提供免费的质谱鉴定和琼脂糖核酸电泳鉴定服务。
1. eb是世人皆知的小分子,强烈的诱变剂/致癌物/致畸物,eb因为是小分子很快跑出胶外,所以eb容易导致小dna片段看不清;eb会导致胶的整体背景稍微高些,经常出现阴阳背景(胶的背景一部分亮一部分暗)
2. pi和eb一样是小分子的强烈的诱变剂/致癌物/致畸物,pi因为也是小分子很快跑出胶外,所以pi也容易导致小dna片段看不清,有时出现阴阳背景。pi中碘含量占分子量的40%,碘离子本身就是很强的荧光淬灭剂,高含量碘离子淬灭荧光导致dna条带的亮度灵敏度远低于eb。
3. ps和eb一样是小分子的强烈的诱变剂/致癌物/致畸物,分子整体呈中性,与dna结合能力弱,dna条带最弱;并且大部分ps染料没有与dna结合留在琼脂糖凝胶中,胶的背景最亮。
4. gelred分子量大于1000,确保染料无法通过细胞膜,确保染料无法插入dna双链内引起突变,没有eb类似的诱变性。通过荧光共振增强了亮度和灵敏度,但是gelred是不饱和染料,大片段dna条带易拖尾模糊。
5. 第三代安全核酸染料safered与gelred一样分子量大于1000,确保染料无法通过细胞膜,确保染料无法插入dna双链内引起突变,没有eb类似的诱变性。通过荧光共振大大增强了亮度和灵敏度,同时safered是饱和染料,所有dna条带亮度高/灵敏度高,并且条带清晰整齐美观。完美改善了gelred缺点。
电泳条件:1%琼脂糖凝胶,恒压130v电泳30min;样品为dl2000 marker,上样量为3ul和5ul;
电泳观测:凝胶成像仪tanon-4600sf在302nm观测电泳结果;曝光时间为100~120毫秒。